2.動態情報蒐集方面：日本海自的98架岸基P-3C反潛/洋面巡邏機、110架艦載或岸基反潛直升機 ，配合海自水面艦艇在日本周邊重要海域上空進行巡邏監視；海自的護衛艦隊在日本沿海以及東南、西南兩條航道周圍進行巡邏監視，並蒐集敵方空中、海上與水下活動的情報；而海自的潛艦也會在相關任務海域進行水下巡邏與監視任務。 從2010年至2020起，P-3C會陸續被65架日本國產P-1反潛/洋面巡邏機取代。

3.沿岸哨戒警備部分：日本周遭五個海上警備區內所屬的各海岸警備隊、警備所等單位都配備岸基偵察、 觀測、通信系統，對日本沿海進行偵測監控，使用的偵潛方式包括紅外線熱影像、磁異偵測等，再透過通訊系統傳遞到海上自衛隊各級情報處理/分析單位進行彙整，供參謀部門運用。

此外，日本也透過空中衛星偵照系統 來監視整個亞洲北半球，其中海洋監視是主要的情報蒐集對象，力求盡早發現敵對國家的軍事行動，在第一時間掌握所有空中、水面乃至水下威脅來源的相關情報。不過海上自衛隊並不能直接存取掌控這套衛星偵照系統的情報， 只是一個單純的被告知者而已。

美蘇冷戰時代，日本海自始終將俄羅斯太平洋艦隊視為最大的假想敵；1990年代冷戰結束後，雖然「赤色帝國」的威脅不復存在，然而隨後中國勢力的崛起以及北韓「不審船」、彈道飛彈等威脅，使得日本海自從1990年代後期以來，不僅正規作戰壓力 依舊存在，還得因應更複雜的低強度特殊威脅。與蘇聯相較，中國 在太平洋不僅擁有更長的海岸線以及更多的海軍基地，也由於過去長年被日本侵略的慘痛歷史，導致中國始終以仇恨的眼光來解讀日本的一舉一動，將自衛隊的質量精進 、體制與限制的鬆綁以及日漸頻繁的海外派兵活動一律視為「軍國主義幽靈的蠢動」；相對的，日本也對中國這個帶有敵意、 共產政體專制不透明、國防預算連年雙位數成長、近年頻頻企圖突破第一島鏈的對手十分感冒，加上東海油田、釣魚台等領土與資源糾紛以及敏感的台灣問題作祟，使得日本逐漸將中國視為未來最大的潛在假想敵。因此，日本在1997年的美日安保新指針開始，就企圖將日本國安議題範圍從過去消極的日本本土，轉型為日本周遭區域的「周邊有事」，以因應日中對立升高之後日趨不穩定的亞太局勢，並且把日本介入台海戰事或將台灣納入美日共同防禦體系留下伏筆。在2003年，日本終於正式通過「武力攻擊事態因應法」，使日本在與美國共同防禦彈道飛彈以及面臨「周邊有事」時，更不受過去非戰憲法的拘束，然而這些都將挑起中國敏感的神經。至於北韓造成的威脅除了不時出現的間諜船隻（不審船）入侵日本領海事件之外，最讓日本難安的就是北韓的彈道飛彈與核武。因此，日本海自的神盾艦艇也納入了美日聯合彈道飛彈防禦體系，進行了相關的硬體擴充升級。

由於2000年代以來，中國的水面艦隊、潛艦部隊與海軍航空武力都不斷獲得更新，海洋測量船頻頻在日本周邊海域出沒調查，積極經營未來的水下戰場，而中國潛艦更屢次出現在第一島鏈附近，甚至發生突破第一島鏈而抵達第二島鏈的事件，這些都使未來日本海自的反潛與海洋監視壓力不得減輕，而必須持續投入更多的努力。

海自「觀艦式」的列隊，艦上擠滿了有幸登艦參觀的民眾。觀艦式是日本海自最具代表性的「公關活動」，這項傳統可追溯至明治元年。海上自衛隊第一次觀艦式於1958年舉行，之後幾乎每年舉辦，直到1970年代因石油危機而中止，不過從1981年起又恢復每2~3年一次。從1997年起，日本防衛廳採取由陸自、海自、空自輪流舉辦「自衛隊中央校閱」活動，故從1997年開始，海自固定每三年舉辦一次觀艦式。在2002年由於適逢日本海自創立50週年，遂首度邀集各國海軍舉行盛大的國際觀艦式。
　

組織

日本海上自衛隊隸屬防衛廳之下，最高長官為海上幕僚長，而海自的最高機關為海上幕僚監部（相當於軍種參謀部），其業務編制包括總務部、人事教育部、防衛部、指揮通信情報部、裝備部、技術部、 技術部、監察官、首席法務官、首席會計監察官、首席衛生官。

在海上幕僚監部之下，就是海上自衛隊的各個主要單位。根據2005年6月的情況，日本海自的主要單位包括自衛艦隊、五個地方隊、練習艦隊、海洋業務群、補給本部、教育航空集團、系统通信隊群、 警務隊、 情報保全隊、潛水醫學實驗隊、幹部學校、幹部候補生學校、術科學校等單位。以下便分別簡介其中的主要作戰單位：

停泊於橫須賀軍港的護衛艦群，以及一艘十和田級油彈補給艦。

一.自衛艦隊：是日本海自的最主要作戰單位，司令部設於神奈川縣橫須賀市。自衛艦隊下轄護衛艦隊、潛水艦隊、掃海隊群 、第一輸送隊、開發隊群、航空集團等，以下分別介紹：

（1）護衛艦隊是日本海自最主要的第一線艦隊兵力，由四個護衛隊群、海上訓練指導群、第一海上補給隊組成 。其中。第一護衛隊群從海上警備隊時代（當時稱為第一船隊群）就是自衛艦隊裡最精銳的單位，不僅角色最為吃重，而且往往優先撥補成績最好人員以及換裝最新型裝備。根據護衛艦隊長久以來的任務分配，第一、第二護衛隊群屬於「外航部隊」，負責海自1000海里遠洋航線的護航工作，而第三、第四護衛隊群則是「內航部隊」，負責防守靠近日本領土的範圍。

第一護衛隊群的前身──海上警備隊第一船隊群於1953年4月1日成立，駐地為東京灣的橫須賀；第二護衛隊群前身──海上警備隊第二船隊群於1953年8月16日成立，駐防於九州的佐世保。1954年7月1日海上警備隊正式改為海上自衛隊，在1960年12月1日編成第三護衛隊群，以本州西南的舞鶴為基地（先前海上警備隊曾在1954年4月10日編成第三船隊群）。在1971年，海上自衛隊編成第四護衛隊群，駐防在廣島灣的吳港。

在1997年3月24日，日本海自實施一項改編，將各護衛隊群下轄護衛隊的番號與駐地予以固定。固定番號後，每個護隊群的第一個DD護衛隊番號與護衛隊群番號相同，第二個DD護衛隊番號為群番號加上4，而DDG護衛隊的番號則為群翻號加上60。以第一護衛隊群為例，下轄的DD護衛隊番號為第1護衛隊與第5護衛隊，而下轄的DDG護衛隊番號則為第61護衛隊。

以下為2005年6月時，日本海自各護衛群的組織：

海上訓練指導群編制兩艘訓練支援艦──黑部號（ATS-4202）與天龍號（ATS-4203），設籍於吳港。

補給艦方面，日本海自五艘油彈補給艦原本分別隸屬於四個護衛隊群。隨後由於兩艘摩周級補給艦在2004至2005年服役，相模號（AOE-421）補給艦在2005年除役，海自的補給艦數量達到六艘；隨著補給艦數量的充實，海自從2006年4月起將六艘補給艦統一編制「第一海上補給隊」，直接隸屬於護衛艦隊，分別設籍於吳（2艘）、佐世保（2艘）、橫須賀（1艘）與舞鶴（1艘）。

自衛艦隊旗艦

 過去舊日本海軍聯合艦隊的總司令將司令部設置於旗艦上，並親自統轄第一艦隊。到了海上自衛隊時代， 護衛艦隊在超過半個世紀的時間也設有一艘專職的旗艦。在1961年9月1日，日本海自將剛服役未久的第二艘秋月級驅逐艦照月（DD-162）作為旗艦，這是海自的第一代旗艦 ，自衛艦隊司令部直接。從1963年3月起，自衛艦隊司令部就轉移到橫須賀陸地上， 不過照月號仍繼續作為護衛艦隊旗艦，作為護衛艦隊司令與其幕僚的座艦。作為象徵性質，自衛艦隊司令官在勤時都居住於旗艦上；如果旗艦出航而司令官未隨行，橫須賀基地就會指派一艘停泊的護衛艦（可能因維修整補等因素而沒有在航）升起自衛艦隊司令官旗幟，作為自衛艦隊司令官居住之處。一開始，在橫須賀船越基地內，海自將一棟老建築作為自衛艦隊司令部的岸上事務室。隨著海自日漸經營發展、規模與質量不斷擴充，無論是參謀人員、電話線路、圖書文檔都日漸增多，舊有的岸上事務室空堅不敷使用，因此又在橫須賀基地內建造一棟新的建築供自衛艦隊司令部使用。

與日本帝國海軍時代的聯合艦隊旗艦相較，自衛艦隊在與艦隊一同行動時，通常位於艦隊最前方，而前者除了在觀艦式之外，不太可能出現在艦隊最前面。此外，護衛艦隊旗艦也經常參與海自訓練艦隊的遠洋敦睦航行（在昭和50年代以降日漸頻繁），以展現海上自衛隊威嚴風貌以及增進外國對海上自衛隊的印象觀感。而在護衛艦隊旗艦參與遠航時，海自往往會指派另一艘艦艇擔任臨時旗艦；例如海自草創時期從美國租借的楠型護航驅逐艦椎號（PF-297），直到昭和41年（1966年）都還作為海自的臨時旗艦。

日本海自前兩艘旗艦，是1960年成軍的兩艘秋月級，兩艦從1961年到1985年先後擔任海自旗艦 。秋月級再原始設計階段就預定作為旗艦，在當時是日本海自最新銳的艦艇；然而到了1985年3月擔任海自第三代旗艦的叢雲號（DD-118）開始，日本海自旗艦 就由除役在即的高齡一線護衛艦來改裝擔任，屬於「發揮剩餘價值」的性質 ；這是因為隨著科技與時代演進，艦隊透過無線電資料鏈乃至衛星通信的傳輸系統傳輸情資，各護衛隊群實際上都由各自的旗艦來指揮，而設置於橫須賀的護衛艦隊司令部也透過指管通情系統指揮整個艦隊作戰；到了1985年，海自四個護衛隊群都以榛名級和白根級直昇機驅逐艦（DDH）作為旗艦，兩型艦都有充足的指揮設施，而白根級更是海自第一種將戰術資料鏈納入原始設計的艦艇，而且當時護衛隊群的DDH與防空驅逐艦（DDG）都設置美製衛星通信、資料鏈與情報處理裝置。在這種情況下，護衛艦隊司令官不需要出海指揮作戰，因此傳統的自衛艦隊旗艦的實際作戰功能就變得微乎其微，只有在非常狀況下，自衛艦隊司令部才會上艦；在這種情況下，自衛艦隊旗艦的象徵性意義已經大於實質功能，自然只要用高齡艦艇改裝充數即可。 值得一提的是，護衛艦隊旗艦都與駐防在橫須賀的美國海軍第七艦隊旗艦保持友好姊妹艦的關係，兩艦有固定的交誼活動。

依照平成16年（2004年）通過、2008年3月開始實施的修改版防務大綱（見下文），海上自衛隊終於取消了實質作用不大的旗艦；而海自最後一艘旗艦（第四代），是2007年1月15日上任的太刀風級飛彈驅逐艦澤風號（DDG-170） ，該艦在2010年6月25日解除旗艦任務除役。

護衛群編組

以往「八八護衛群」採取行政編組與作戰編組統一的制度，各護衛群所屬的艦艇便設籍於護衛群的母港，並且分別由各護衛群統一遂行操作、管理與運用。表面上，每個八八護衛群的艦艇編組各司其職，功能完備；然而這也意味著護衛群的艦艇「缺一不可」，少掉一艘──尤其是地位特殊的直昇機驅逐艦或防空驅逐艦──都可能會影響護衛群的功能。而事實上，由於護衛群內各艦有例行的維修保養，訓練狀況也不一定能維持一致，因此個別護衛群很難完整湊齊並出動值勤，在2000年代開始長期執行印度洋加油勤務之後更為明顯，每個護衛群 的艦艇由於維修或調派海外勤務，幾乎都無法到齊。鑑於相同的行政與作戰編組有實務困難，日本海自從2007年開始便打破以往艦艇硬性編制於設籍地所在的護衛群的慣例，改成將大修排程相近的艦艇安排在同一護衛群中，如此使得日本海自得以迅速派出編制完整且一同訓練的護衛群。此外，在2007年底公布的大改組之中，每個護衛群的編成也採取更具彈性的作法（見下文）。

高速衝破水面的春潮級柴電攻擊潛艦。

（2）潛水艦隊編制了日本海自所有的潛艦，司令部設於神奈川縣横須賀市，共分為兩個擔負戰備的潛水群與一個練習潛水隊，以下也分別列表簡介：

（3）掃海隊群的業務為水雷反制作戰，司令部位於神奈川縣横須賀市，下轄四個掃海隊，其組織如下：

（4）第一輸送隊部署於吳，編制三艘大隅級戰車登陸艦（LST）以及六艘所屬的LCAC氣墊登陸艇（LCAC-2101~2106）。

（5）開發隊群的主要業務是測試新的技術與裝備，編制日本海自的技術實驗艦，總部位於橫須賀，編制 久里濱號（ASE-6101）與飛鳥號（ASE-6102）二艘實驗艦。

日本海自的P-3C反潛巡邏機隊。日本是美國以外最大的P-3C使用國，值勤機隊

規模超過80架，在日本周邊海域構成嚴密的海洋監視、反潛網。

美國賽考斯基授權三菱重工生產的SH-60J反潛直昇機，是日本海自目前的艦載直昇機主力。

（6）航空集團編制日本海自的主要作戰用飛機，司令部位於神奈川縣綾瀬市，下轄7個航空群、3個航空隊、航空管制隊（駐地厚木）、機動設施隊（駐地八戶）、第1航空修理隊（駐地鹿屋）、第2航空修理隊（駐地八戶）等單位。以下便表列航空群與航空管制隊的資料（2005年6月）：

日本海自使用的主要機種包括P-3C反潛巡邏機、EP-3電子情報蒐集機、OP-3C洋面監視機、UP-3C/D訓練評價機、UP-3D電子戰訓練支援機、US-1A及2005年新購的US-2水上救難機、YS-11T-A訓練機、T-5初級教練機、TC-90訓練機、LC-90聯絡機、U-36A訓練支援機、SH-60J/K反潛直昇機、MH-53E與2003年訂購的MCH-101掃雷直昇機、UH-60J救難直昇機、S-61A運輸直昇機 （2008年5月26日除役）、OH-6D訓練直昇機等等。

二、地方隊：日本海自將日本本土周遭海域劃分為五個警備區，分別是位於日本北部以西的大湊警備區、日本東部的橫須賀警備區、日本南端的吳警備區、日本中部向北的舞鶴警備區，以及日本西側的佐世保警備區，每個警備區各由一個海自地方隊（註）負責防守 。地方隊主要工作包括警備、後勤支援與海上安全維護等方面，其中警備業務包括包括制定警備計劃、編寫警備地志、收集警備情報、日本沿海與港口防衛等， 後勤支援業務係針對整個海自單位（而不止於地方隊本身），包括各基地管理、後勤補給、醫療、裝備維修、新兵招募訓練等， 而安全工作則包括保障航道安全、海上治安維護、航空救難、災害救助、水雷爆裂物處理等。 第一線的護衛隊群的船艦部署的母港都由當地的地方隊管轄，船艦並設籍於母港所屬的地方總監部。地方隊的核心機關為地方總監部，其最高首長為地方總監，階級為海將，其中橫須賀、佐世保這兩個地方總監職位，往往是晉升海自最高長官──海上幕僚長職務的必經之路。每個地方隊編制包括一至二個護衛隊、掃海隊、警備隊、航空隊等，以下便分別表列 （2005年6月）：

地方隊還下轄名為「基地隊」的作戰勤務部隊，分別在吳、佐世保、大湊地方隊設有皈神、下關、衝繩、函館等4個基地隊。 依照地方隊警備區域的地理位置和任務劃分等，各地方隊基地隊的編制與功能也有所不同。 通常由基地隊以下部隊編成：基地隊本隊、基地分遣隊（僅皈神基地隊有）、水下處理隊（僅衝繩基地隊有）、 磁性測定所（僅皈神基地隊有）、警備隊、掃雷隊、港灣巡邏隊（僅吸神基地隊有）等。以下便簡介一些附屬勤務單位：

1.警備隊： 負責地方隊司令部和所屬部隊的設施警備和管理工作，總計 下轄陸警隊、港務隊、水下處理隊、港灣巡邏隊、基地分遣隊、聯絡所、直轄艦艇等。

2.補給所： 負責軍需品、火器、彈藥、車輛、化學器材、工程器材、通信器材、衛生器材等的保管和補給。

3.教導隊： 負責對新入伍的二等兵以及海軍參謀長規定的其他海軍士兵進行教育訓練。

4.航空補給所： 由計劃室、總務部、管制部、器材部、維修部組成，負責維修海自的艦艇和武器裝備等。

5.航空收裡所： 專門維修航空機和機載武器等。

6.水雷調整所： 專門維修魚雷、深水炸彈以及其他水雷武器等。

三、海洋業務群：主要業務是海洋觀測與水下音響監聽，編制日本海自所有的海洋觀測艦（AGS）、監聽潛艦的音響測定艦（AOS）與海底電纜敷設艦（ARC），總部位於橫須賀，編制三艘AGS、三艘AOS與一艘ARC。

四、教育航空集團：負責海上自衛隊航空隊的教育訓練工作，司令部設於千葉縣柏市，共分為三個教育航空群與一個直屬的教育航空隊，其組織表列如下（2005年6月）：

五、練習艦隊：負責海自水面艦隊的教育訓練工作，旗艦為鹿島號（TV-3508，駐地吳），並下轄第一練習艦隊（駐地吳），編制三艘由第一線護衛艦隊汰換下來的較高齡護衛艦。

六、補給本部：司令部位於東京都北區，包括艦船補給處與航空補給處。

2008年3月的海自大改組

從平成14年（2002年）開始，防衛廳就開始探討未來自衛隊的組織改造，稱為「防衛力使用方法研究」，其中提到將海上自衛隊分為武力提供者（force provider）和武力使用者（force user）的觀念。在2002年這項研究的結論中，認為第一線值勤的護衛艦隊與航空集團等是「武力使用者」，而護衛艦隊司令官是護衛艦隊實際行動的指揮官；而自衛艦隊司令與地方監部則是「武力提供者」。

隨後，基於平成16年（2004年）12月通過的第二次修改版防務大綱，日本海自開始配合調整第一線艦隊、航空隊的組織，並於平成19年（2007年）底公布，2008年3月開始實施 ；而其中的組織變更，就是基於先前「防衛力使用方法研究」的成果。根據海自的說法，此次調整的主要目的是「對付多種新威脅和迅速有效地應對國際和平協作活動」，同時「將負責部隊培養訓練指揮官和事態處理部隊行動的指揮官進行任務劃分」，平時則「由護衛艦司令官進行一元化的訓練管理」。新組織架構裁併了許多單位，並將組織層級簡化：以下便分別簡介其主要變更：

1.護衛隊群方面：原本四個護衛隊群總共下轄12個護衛隊，每個護衛隊群下轄三個依照功能劃分的護衛隊（其中一個配備DDX2，第二個配備DDX3，第三個負責防空，編制DDGX2） ，加上一艘DDH作為旗艦（不屬於任一護衛隊群），因此需要一起行動才能發揮完整功能 ；然而如同前述，同一護衛群的艦艇或因維修、訓練期程不一，或者派遣部分兵力執行海外長期任務，故個別護衛群能湊齊的機會不大。組織調整後，護衛隊群仍維持原本四個，不過所屬的護衛隊則整併為8個，每個護衛隊群下轄兩個 各編制四艘、能夠各自獨立作業的護衛隊（第一個 編制旗艦DDH、DDGX1、DDX2組成，第二個 配備DDGX1、DDX3），基本上就是將原本編制DDG的第61~64護衛隊拆散，分配 到同個護衛群其他兩個護衛隊裡，而該護衛隊群旗艦DDH也直接編入其中一個護衛隊（與護衛隊群番號相同的護衛隊）；而護衛隊群裡第二個護衛隊（護衛隊群番號加4的護衛隊）則由指揮機能較為完整的神盾艦擔任指揮。如同前述，在新的護衛隊群編制中，每個護衛隊群不再硬性由設籍同一母港的艦艇組成。

未來如果面臨規模較小的勤務或突發事件，新編制的護衛隊由於各自機能完整，就能逕自前去執行任務，整個組織的反應速度與任務彈性都比以往增加 ；如果護衛群中某些艦艇正在維修，也可彈性抽調其他艦艇組成一個完整的護衛隊，或者由其他護衛群支援。以下便分別簡介改組後的四個護衛隊群：

值得一提的是，新造的兩艘愛宕級神盾級驅逐艦已經在2007與2008年成軍，其中愛宕號（DDG-177）編入第三護衛群，足柄號（DDG-178）編入第 二護衛群，使這兩個護衛群擁有了兩艘神盾艦。第二、第三護衛群主要防區位於日本西側，納入著重反彈道飛彈能力的愛宕級，足見日本海自的防禦重心已經從過去美蘇冷戰時代的北面防禦，轉變成防禦北韓彈道飛彈以及中國海空勢力的西面防禦。

由於自衛艦隊司令部在組織改造中被視為「武力提供者」，就不需要再跟隨第一線護衛隊群行動，而是在橫須賀的自衛艦隊司令部坐鎮掌握全局；為此，新防衛大綱就取消了自衛艦隊旗艦的編制。

2.地方監部方面：如同前述，此番組織大改之後，地方監部被定位為「武力提供者」而非「武力使用者」，因此地方監部再也不需要管轄第一線作戰的護衛隊群和航空隊。過去日本水面作戰艦艇分屬於自衛艦隊體系與地方隊體系，改編後則全部由護衛艦隊司令部直接指揮，如此統一事權之後，打破了過去「遠海歸自衛艦隊、近海歸地方隊」的藩籬。原本隸屬於地方隊的7個護衛隊（第21、22、23、24、25、26、27護衛隊）之中，第27護衛隊已經在稍早裁併，其餘六個則在2008年3月 更改番號，將原本的「2」字頭改為「1」，成為第11、12、13、14、15、16護衛隊，並移編自衛艦隊（但不包括在第一線的四個護衛隊群）；爾後第16護衛隊遭到裁撤 ，使第二線護衛隊數量降至5個。 不過依照2013年12月公布的平成26年度（2014年）以降防衛大綱，海自會再增加一個第二線護衛隊，使之數量恢復為六個。

 對護衛艦隊而言，此種改組增加了手頭可運用的艦艇兵力，能更機靈地應付各種例行或突發勤務；另一方面，也能使人力日益吃緊的地方 監部擺脫重擔，專注於提供護衛艦隊與航空集團相關後勤支援及所需的戰力、訓練等，本身只保留飛彈快艇、掃海艇與若干支援艦艇等純粹沿岸防禦兵力 （因此原本地方隊掃海隊等單位的番號並無變動），而不需要親身涉入日益複雜的海上作戰/防務工作。

3.航空隊方面：在固定翼反潛機隊部分，引進高效率作業機種後，海自將原大綱170架定翼機的陣容略減為150架。原本自衛艦隊航空集團的第1、2、4、5航空隊編制有P-3C飛行隊，其番號經過重整，原第4航空群因為與海自航空集團同樣駐紮在厚木，故改稱為第1航空群；原第1航空群改稱第2航空群，原第2航空群改稱第4航空群，原第5航空群改稱第3航空群；而這四個航空群原本下轄的八個P-3C飛行隊則整併為四個，每個航空群只部署一個與該航空群相同數字番號的飛行隊。2005年版新防衛大綱規定海自巡邏機隊在沿岸必要地區周邊海域，每天至少要有一次巡邏警戒，如此日本海自航空集團需要80架P-3C的陣容；然而今後日本自製的新一代P-X（正式服役後稱為P-1）反潛哨戒機服役後，由於性能較佳，預計只需要70架左右就能滿足需求。

目前日本海自正陸續換裝新一代SH-60K反潛直昇機，是SH-60J的大幅改良型。

2007年7月4日首度公開的日本新一代P-X反潛/洋面巡邏機原型機，服役後正式型號為P-1

，從2010年代起逐步取代P-3C。

直昇機隊部分，原來自衛艦隊航空集團第21、22航空群編制四個配合護衛群搭載運用的反潛直昇機飛行隊（第121、122、123、124飛行隊）。在組織更動後，第21、22航空群番號不動，下轄的反潛航空隊番號由原本的 三碼12X統一改編為二碼2X反潛航空隊，新番號數字的個位數與所屬的護衛隊群番號相同。此外，原第123航空隊有半數兵力（6架直昇機）編成舞鶴航空分遣隊，在組織調整後升格為第23航空隊。

原先五個地方隊各編有一個擔負主要港灣、海峽警戒防備的岸基直昇機航空隊；由於原本護衛隊群、具有直昇機搭載能力的初雪級驅逐艦陸續移編至地方隊，因此海自首先將這五個岸基直昇機航空隊整編為三個隊並改為艦載運用，而在2008年組織變更後分別依照種類，併入與同駐地的航空集團直昇機航空隊中，包括前述的2X反潛航空隊，以及新賦予的7X救援航空隊番號。

如此，原屬地方隊的航空兵力也移交給了自衛艦隊 ，而同一駐地的旋翼機隊也自此併入相同的指揮體系下，運用上較為合理。 以下便整理新的航空集團組織：

4.潛水艦隊方面

在2007年底組織調整之前，自衛艦隊擁有兩個潛水隊群，部署在吳的第一潛水隊群編有第1、第3、第5潛水隊，每隊各有三艘潛艦；部署於橫須賀的第二潛水隊群則編有第2、第4、第6潛水隊，第2潛水隊編制三艘潛艦，第4與第6潛水隊編制兩艘潛艦。這樣的編制主要是根據美日安保作戰架構之下，戰時日本封鎖 津輕、宗谷、對馬等三個海峽所需的潛艦兵力。

按照新防衛大綱，海自仍將維持兩個潛水隊群，不過原本的六個潛水隊合併為四個（第1、第2、第3、第4潛水隊），每個配備四艘潛艦，加上原本第一練習潛水隊的兩艘潛艦。在新大綱中，練習潛水隊的兩艘訓練潛艦也保持戰備狀態，因此海自實際上可供作戰的潛艦達18艘。

依照潛艦的汰新，海自的潛水隊逐漸朝新大綱的編制邁進。在2006年4月14日，第二潛水隊群第六潛水隊的幸潮號（SS-582，汐潮級）除役，而剩下的若潮號（SS-587，春潮級）則在同年4月3日就調往第四潛水隊，而第六潛水隊隨之解編，而第四潛水隊的規模便擴充至三艘。在2007年2月28日，新造潛艦賴戶潮號潛艦（SS-599，第十艘親潮級）加入第四潛水隊服役，使第四潛水隊成為第一個轉型為新大綱中四艘編制的潛水隊。

然而，依照2010年12月通過頒佈的新改版防衛大綱，海上自衛隊的潛艦部隊規模從原本長久以來的16艘增為22艘 ，並再度恢復成6個潛水隊的舊制，設籍在吳港的第一潛水隊群下轄第1、3、5潛水隊，設籍在橫須賀的第二潛水隊群下轄第2、4、6潛水隊，每個潛水隊將編制3到4艘潛艦。2013年年底通過的平成26年（2014年）以降防衛大綱也繼續維持潛水艦編制22艘、分成六個潛水隊的目標（在2013年底現役潛水艦仍為16艘）。

令和7年度（2025年）海上自衛隊大改組

在令和7年度（2025年）防衛預算書中，海上自衛隊展開一波組織大改，將以往各自分開護衛艦隊與掃海隊群打散重編，統一由水上艦隊（暫稱）直接管理。在這樣的改組中，現有的四大護衛隊群撤銷，改組成三大水上戰群（暫稱）；而最初從地方隊移編來的第11~第15護衛隊加上掃海隊群（含輸送隊）也撤銷重編，成為水陸兩用戰/機雷戰群（暫稱）。此外，原本地方隊管轄的掃海隊以及導彈艇隊也撤銷重編，成立哨戒防備群（暫稱），現有的隼級飛彈快艇以及此時規劃中的新近海巡邏艦（OPV）都會編入哨戒防備群。

在這一波改組中，原屬自衛艦隊的艦隊情報群與海洋業務•反潛支援群，也會跟海自系統通信隊群合併成為一個情報作戰集團，其下分為作戰情報群（會接管各地方隊的警備所）與網路防禦群。 

此外，2023年10月20日共同社報導，日本防衛省規劃在2024年底成立「自衛隊海上輸送群」（直屬自衛隊），負責由本州向南西諸島以及所屬主要離島投送自衛隊部隊和裝備、車輛與物資，作為因應中國擴展軍事影響力、強化西南諸島以及周邊有事的措施，此外也可在緊急事態時撤離離島居民。防衛省表示，「海上輸送群」將部署在廣島縣的海自吳基地，成立初期由海上自衛隊與陸上自衛隊人員合計100人；初期投入1艘載重量1700噸級的中型級船舶（LSV）和1艘載重量350噸的小型級船舶（LCU），未來並準備建造緊湊型「機動舟艇」，共計10艘大小型運輸船舶。

註：現行日本海自地方隊的制度來自於19世紀末舊日本海軍於明治時代創立的「鎮守府」。在1871年，日本海軍便成立了「海軍提督府」 ，後來更名為「鎮守府」，並將日本周邊海域分為東海、西海兩個部分，分別設置鎮守府作為海軍艦隊的基地；其中，東海鎮守府在 1876年率先於橫濱成立，隨後遷往橫須賀並改名為「橫須賀鎮守府」，管轄「第一海軍軍區」。在1886年，日本海軍再將日本周邊海域劃 分成五個海軍區，並於1889年成立吳鎮守府（管轄第二海軍軍區）與佐世保鎮守府（第三海軍軍區），1901年成立舞鶴鎮守府（管轄第四 海軍軍區），原本還規劃在室蘭成立第五海軍軍區的鎮守府，但最後並未實現。各鎮守府的機能包括艦隊後勤支援、軍區的行政組織管理、人員 招募訓練等，並根據不同軍區的地理區位與特有功能來發展其機能；此外，日本海軍將第一線主力艦隊編制於常備艦隊（後來成為常設的聯合艦隊） ，其餘二線次要、支援或高齡艦艇便分別隸屬於四個鎮守府的「預備艦隊」；在1933年，日本海軍將各鎮守府的預備艦隊改名為「警備戰隊」或位階較低的「防備 戰隊」，並以各地鎮守府名稱冠在之前以做區別。太平洋戰爭爆發後，由於前線作戰艦艇需求激增，大量原屬鎮守府的艦艇抽調到第一線，因此各鎮守府直轄 艦隊兵力驟減，在1942年撤銷各鎮手府的警備戰隊，降為防備戰隊。此外，日本海軍中也有功能與鎮守府類似但位階較低的單位，包括警備府與更低一階的要港部， 這兩階單位都沒有直屬的水面艦隊。

日本戰敗之後，各地鎮守府與日本海軍一同遭到解散。1952年8月海上警備隊成立之際，日本也分別在橫須賀與舞鶴成立地方總監部，1953年9月又成立佐世保與大湊 兩個地方總監部（大湊在舊日本海軍時代只有要港部，二次大戰爆發前夕升格為警備府）；1954年日本海上自衛隊成立之際，又將吳基地隊升格為吳地方監部； 至此 ，日本海自建立了幾乎與舊日本海軍鎮守府體制完全相同的五大地方隊體系。