五角大廈於2001年12月14日宣布，海軍區域彈道飛彈防禦系統(Navy Area Defense，NAD)由於「遇到極廣泛的技術難題」、「經費超支57%」以及被證實「性能極差」，宣告中止。另一方面，另一項海基的彈道飛彈防禦系統──等級比NAD更高的海軍戰區廣域彈道飛彈防禦系統(Navy Theater Wide，NTW)則仍然繼續進行，並在2002年1月25日由一艘提康德羅加級飛彈巡洋艦伊利湖號（USS Lake Erie CG-70)在夏威夷附近海域成功地進行了一次試射，這也是海基反彈道飛彈第一次成功攔截靶彈的紀錄，因此美國海軍的艦基反彈道飛彈防禦系統並未全軍覆沒。 在法理上，美國國防部援引Nunn- McCurdy修正法案的預算超支違規條款將NAD取消；不過，這是該法案1982年通過以來首度動用，顯示美國國防部基於各種考量，「選擇性」動用法理條款將NAD停止。

事後分析，技術上遭遇難題的確是導致此計畫夭折的原因之一 ，主要包括遷就側置紅外線尋標器而只能使用難度大的側向攔截、高爆戰鬥部威力不足以完全摧毀彈道飛彈等。此外，低層次的NAD只能對抗朝著艦隊或者鄰近沿海地區（如港口）落下的彈道飛彈，無法保護人口密集區域，在政治上吸引力遠不如防禦距離更廣的NTW。

另外，同時期的外交政治操作，也可能是NAD被取消的考量之一。美國在2001年9月11日遭受恐怖份子攻擊之後，亟思尋求國際支持以對抗國際恐怖主義，而中國正是其拉攏的對象之一；但是由於美國小布希政府罔顧中國與俄羅斯的強烈反彈，拒絕取消反飛彈防禦系統，更在2001年12月13日宣布退出從1972年5月26日美國與前蘇聯簽署的限制反彈道飛彈(Anti-ballistic missile，ABM)條約（此條約在冷戰時期曾限制美蘇雙方的反彈道飛彈系統發展，保障相互毀滅原則不被破壞，使得在核武方面勢均力敵的美蘇雙方不敢輕易玩起核戰遊戲，進而讓世界免於毀滅），因而引發美國與中俄兩國的衝突與不快。然而，就「恰巧」在宣布退出ABM的隔天，美國國防部便以書面稿的方式，低調宣布海軍區域彈道飛彈防禦系統的研發工作中止，可見兩者之間微妙的關連性。因此，美國有可能以「先天不足」的NAD當「棄子」，政治上緩和他國的不滿；而同時美國真正的TBMD主力如全國飛彈防禦系統(National Missle Defence，NMD)、陸基戰區飛彈防禦系統(Theater Missle Defence，TMD)以及海基的NTW等都不受影響。

不過在2003年初，美國神盾系統與荷蘭製APAR主動相位陣列雷達系統競標南韓KDX-3飛彈驅逐艦的防空系統時 ，又放出「NAD最遲可於2005年完成研發工作，並在2004年進入美國海軍服役」的消息；可能是美國看出南韓極端重視反彈道飛彈能力以抵禦北韓、中國的威脅，遂放出此一風聲讓自家的神盾系統取得優勢，後來神盾系統果然在2002年7月底擊敗APAR。由於南韓最大的威脅──北韓就在隔壁，而北韓有不少短程戰術彈道飛彈，以NAD的側向攔截方式 ，頗適合南韓的情況，因為敵方發射飛彈的地點就在不遠處，採用側向攔截技術的NAD在其升空階段就有機會將其摧毀；此外，北韓的海空武力極為薄弱，所以KDX-3神盾驅逐艦頗有機會靠近北韓彈道飛彈的發射地點，在北韓彈道飛彈處於上升階段時就先發制人。為了解決先前遇到的問題，NAD將換裝新的終端尋標器以提高精確度，而且勢必得用直接撞擊方式才能提供足夠的動能將彈道飛彈的彈頭摧毀。

不過實際上，NAD的確沒有了下文，相關研究方向也被納入更新一代的SM-6上；而南韓也將採購目標轉向了SM-6。