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潛艦作戰系統選擇（2016-2017年）
在2016年6月3日，台灣海軍司令部公告「潛艦戰鬥管理系統」的公開徵求資料
（即資訊徵詢，RFI），徵求時間從6月3日至13日，預定於民國107年度（2018年）執行，內容是「以恢復系統處理及運作功能為原則，強化系統穩定度及可靠度，以有效執行目標之偵測、識別及追縱，並進行威脅評估、武器選擇、接敵攻擊與迴避等戰術作為，以發揮潛艦作戰效能」
，並將尋求國外廠商合作，尋找現有成熟的潛艦作戰系統技術轉移至中科院；這可能是以2016年3月31日中科院得標的「 劍龍級潛艦合約設計案
」為基礎，進一步針對同時期台灣海軍進行的「潛艦國造」案來發展作戰系統。
依照媒體「上報」的消息，在2016年，國防部透過負責劍龍級潛艦升級案與IDS自製防禦潛艦案系統整合的中山科學研究院，邀請美國洛克希德.馬丁（Lockheed
Martin）與雷松（Raytheon）、義大利與比利時廠商各一，針對劍龍級潛艦戰系更新案子提出技術協助計畫；而在此同時，台灣國防部也私下邀請這四家廠商針對IDS自製防禦潛艦案的作戰系統提出概念設計與可提供裝備分析，因此兩個提案算是平行作業。其中，美國洛馬集團的提案是基於該集團在1996年購併的Loral
Corporation防衛電子系統部門在1990年代推出的系統（可能是SUBICS-900的類似系統，另有專文介紹），已經被多個國家的柴電潛艦使用；而雷松/Thales的提案則是一種全新的先進數位化潛艦作戰系統
（雷松為美國海軍提供CCS MK.2、AN/BGY-1等潛艦作戰系統），並強調所有的裝備都會在台灣組裝，可在台灣創造300個工作機會。經過國防部專案小組評選，初步認為美國洛馬集團的戰鬥系統提案是有實績的成熟系統，概念上最可行，也最符合台灣方面的需求。
「上報」透露，在2017年3月底美國總統川普與中國國家主席習進平會面前夕，台船突然接獲美國雷松公司通知，該公司針對台灣潛艦國造所擬定的戰鬥系統計畫書，已經獲得美國國務院批准；消息一出，立刻引起台灣政府高層重視，雷松在台分公司也立即南下，向台船簡報這套戰系計畫書內相關細節；然而在72小時內，美國在台協會（AIT）卻告知台船，這是因為美國國務院作業疏失造成的誤會。這是因為2017年3月底雷松公司就台灣海軍劍龍級潛艦升級延壽案規畫的多相作戰系統相關計畫書，向美國國務院提出這項文件的輸出核准，若獲得同意再申請輸出許可；雷松這份針對劍龍級潛艦延壽案的作戰裝備計畫書的附件中，放入了為台灣IDS自製防禦潛艦的作戰系統規畫流程與大綱，當時美國國務院承辦人員沒有仔細查閱就予以批准。雷神公司發現該文件核准的附件內包含向台灣IDS潛艦案的項目後，遂解讀是可以開始對台船進行簡報與討論；雷松遂立刻將此消息告知台灣分公司，隨後由台灣分公司通知台船，雷松也立刻就向台船簡報展開規畫。雷松獲得美國國務院許可的消息隨即傳到美國其他廠商，這些廠商因而感到不解，因為此時從沒有聽過美國政府正式批准對台灣IDS潛艦的技術協助；這些廠商經向美國國務院查詢，才發現美國國務院作業疏失，美國務院官員上取消這項核准文件。
根據「上報」的信息，在2018年4月5日美國政府正式批准美國廠商對台灣潛艦案的「行銷核准證」後，先前在2016年受台灣國防部邀請私下提供概念設計的廠商遂向台灣軍方高層表達，2016年那次是非正式邀商，美國國務院正式發出「行銷核准證」之後，應該進行一次正式評選。因為台灣海軍劍龍級潛艦延壽案經專案小評選後，選擇洛馬集團進行技術整合，同時間以直接商售管道向美國國務院申請技術協助許可；而在2016年台灣國防部舉行的非正式評選中，也認為洛馬集團的提案最理想；這意味洛馬集團幾乎取得台灣潛艦相關案子的絕對優勢，因而在與台灣中科院的討論會議上姿態頗高。因此，其他對手廠商都想藉由美國正式批准對台灣潛艦案「行銷核准證」的契機，獲得翻身機會，而台灣軍方高層也在考慮是否進行一次正式評選。
在2018年5月14日，媒體「上報」新聞披露，國防部潛艦專案小組根據洛馬與雷松各自提交的協助台灣潛艦計劃書審查後，因洛馬公司以具有實績、用於現役潛艦的裝備為主，加上洛馬的計畫也配合台灣自製潛艦計畫所選擇的裝備以及本島廠商產能，使得潛艦部分技術能落實於台灣業界，因此專案小組選擇洛馬集團作為戰鬥系統主承包商。依照「上報」的報導，雷松提案的全新設計先進數位化作戰系統中，潛艦上相關的機電、裝備與次系統都完全由雷神規劃，好處是系統雷松公司完全負責系統整合，但也意味著艦上多數主要裝備都由雷松選擇，不符合「潛艦國造」提升台灣相關產業技術的目的。洛馬的提案則以具有服役實績的現役潛艦作戰系統為基礎（洛馬在1996年購併Loral公司，該公司先前為加拿大維多利亞級柴電攻擊潛艦提供TFCS
MK-1魚雷射控系統，在1990年代則推出SUBICS-900潛艦作戰系統），並且依照台船現階段潛艦設計案所列舉的各項裝備，協助台灣方面決定何種組合為為佳，在過程中也讓台灣方面有機會學習潛艦設計與規劃，更會將部分技術轉移給台灣；例如，台船已評估國內可能製造魚雷發射系統的廠商，洛馬集團就會根據這些廠商的工業能量與方案，來評估與修正整個潛艦武器系統。此外，由於洛馬集團已經被選為劍龍級潛艦升級案的戰鬥系統主承包商，因此對於劍龍級潛艦的空間設計、裝備重量配置等比較瞭解；而台灣自製防禦潛艦的基本設計仍參考劍龍級，因此洛馬與台船、中科院首進行劍龍級升級案過程的相關經驗，能直接用於IDS潛艦案，這對於洛馬集團而言自然也是一項優勢。
在2018年5月底，「上報」透露，將參與台灣潛艦案的美國廠商已經向美國政府提出與台灣方面進行技術合作的許可，由美國政府相關單位進行審查；
若一切順利獲得許可，美方參與台灣潛艦案的設計團隊最快可在2018年年底進駐台船，屆時人數將超過200名。
同時，台船也規劃在2019年9月開始建造用來生產潛艦潛艦的船塢廠區，在2020年台船完成潛艦構型設計工作時就進入建造工作，
首艦預定在2024年下水，進行一年測試並於2025年交付海軍。「上報」也透露，隨著美方廠商開始積極動作，
台船方面對於成本的估算也開始具體化；依照台船估計，建造首艘原型艦以及建立產能（包括潛艦廠區以及機具設備等）
，總共約需500億元新台幣，正與國防部討論確定中。由於美國廠商參與潛艦計畫，因此台船潛艦新廠區將擁有相對應
（符合美方要求）的保密措施，各廠區依照機密等級區分，掌握人員進出以及機敏資訊的存取；
在機密等級最高的紅色管制區內，台船主管未經許可也不能擅自進入，相關保密措施將等同於台灣漢翔公司進行F-16V戰機升級改裝案的廠房。
所有參與潛艦設計建造的工作人員都要簽訂保密切結書，並由安全單位不定時進行資訊與人員的安全檢查，以確保機密資料不會外洩。不過，對於「上報」這則美國廠商團隊準備來台駐廠的消息，
台灣國防部長嚴德發於5月30日上午在立法院外交國防委員會
接受質詢時予以否認，表示沒有這樣的訊息，外界報導不實。
依照「上報」在2018年6月9日的報導，負責整合IDS潛艦戰鬥系統的中科院專案小組與洛馬集團已進行最終的合作技術意向書討論，若一切順利可望在七月底簽署合約，由洛馬集團把潛艦戰鬥系統的設計資料提交美政府申請輸出許可（透過DCS商售管道），如一切順利可望在11月中旬獲得國務院批准輸出許可。「上報」宣稱，關於作戰系統的裝備選項，中科院與美商洛馬的協商並不順利，曾發生歧見。洛馬提出的潛艦作戰系統主體是該公司已經被多國潛艦採用的現成設計，但周邊的次系統如通訊、電戰等則是由台灣海軍與中科院提出規格。台灣海軍與中科院都在國際市場上尋求最好的現役裝備，挑選許多選項，再由台灣國防部的專案小組投票選出；然而，要將台灣軍方挑選的設備整合入洛馬規劃的潛艦系統主架構，洛馬戰系設計團隊需要重新計算許多相關數據，例如這些設備採用直流或交流電、供電需求大小乃至冷卻、尺寸重量等。如此，潛艦設計的工作量以及所需的時間就會增加，可能無法在原訂期程（2020年底）完成IDS的細部設計工作。洛馬方面希望首艘IDS的戰係應該採用該集團原先指定的成熟裝備為主，如此可將風險降至最低，也能符合原訂計畫期程（2020年完成合約設計、首艦2024年下水）；首艦經過測試驗證後，從二號艦開始才引進新裝備來提升性能。
依照「上報」的消息，在與中科院潛艦戰系專案小組協商的過程中，洛馬方面明確表達，為了合於美國的法律規定，該公司參與美國海軍現役核子動力潛艦戰鬥系統相關項目的人員不會、也不能參與台灣IDS潛艦的戰系設計工作；而洛馬方面參與台灣IDS的團隊，除了由少部分屬於洛馬旗下Loral公司的人員之外，其他成員則從歐洲等國聘請曾有柴電潛艦戰系整合經驗的專業退休人員所組成。這項限制與過去美國透過直接商售管道（DCS）協助台灣武器系統研發案的情況類似，例如1980年代美國通用動力（GD）協助航發中心（AIDC）研製IDF戰機時，團隊就必須排除F-16戰機相關團隊的人員，而且不能直提供現成的F-16零組件、次系統；1990年代初期美國廠商協助台灣海軍發展ACS先進戰系案（即小神盾艦）時，不得直接調用參與神盾相關項目的人員，也沒獲得美國海軍直接輸出神盾系統的軟體。
依照「上報」在2018年6月20日的報導，雖然美國國會通過的2019財年國防授權法案中提到，美國應基於「台灣關係法」，大力支持台灣透過海外軍售（FMS）、直接商售（DCS）與工業合作等管道向台灣提供防禦性武器；然而，美國行政部門仍嚴格禁止美國海軍現役潛艦相關作戰裝備輸出。例如，一家美國廠商申請輸出美國現役核能潛艦使用的水下通信系統（能在水下直接與基地或其他潛艦通信），曾獲得許可到台灣進行行銷，該公司一度以為美國政府對台灣潛艦技術輸出是全面解禁；然而不到3個月後，該公司就被美國行政單位通知，因「因作業疏失」而撤回該項出口許可。
依照「上報」在2018年11月14日的報導，4月美國國務院批准美國潛艦相關廠商來台行銷之後，歐美各船廠大致依循從第三國分公司出具輸出許可證明、
再派遣母公司潛艦設計專業人員來台參與IDS各項技術顧問的工作的模式，因此讓台灣海軍與台船更有信心完成IDS潛艦的設計、建造工作。
在2018年11月14日，台灣國防部公布「劍龍級潛艦戰系性能提升」的決標公告，主承包商是中科院，決標金額為以74億771萬1000元新台幣，在2024年屢約完畢。
主承包商中科院委由技協廠商美國洛克希德馬丁公司（Lockheed
Martin），為劍龍級進行性能提升，在2024年屢約完畢，包括製造三套作戰系統（其中兩套裝備於劍龍級上）。劍龍級戰系升級案的系統也會用於IDS潛艦，
而中科院同樣負責IDS潛艦系統潛艦，因此洛馬集團也就成為IDS潛艦戰鬥系統的設計者，例如劍龍級升級案所產製的第三套系統必要時可用在IDS首艦。此時，
中科院與洛馬集團已初步完劍龍級新戰鬥系統各項設備的介面控制系統的整合以及各項精算參數，2019年3月IDS進入細部設計工作之後，就以這套戰鬥系統為
核心來落實IDS的實際建造方案。
依照2021年3月11日「上報」報導，早先台灣海軍選定艦上作戰相關裝備時，由台灣海軍以及中科院主導選擇，然後才告知真正負責執行系統整合的美國洛克西德.馬丁公司，這些都增加了整合工作的風險與難度，並造成計畫執行期間不少爭議；如果洛馬集團能在更早就參與挑選次系統的工作，依照過去的執行經驗提出建議，就可以讓系統整合工作更順利。
IDS潛艦構型確定
依照2018年10月25日「上報」的消息，台船潛艦國造IDS設計標案正進入構型定案階段，在2019年3月進入細部設計階段之前陸續確定採用的各次系統規格與備選裝備清單；此時，國外顧問已依各國外裝備商提供的產品數據，列出各項目選擇裝備的優先順序，而台船潛艦小組已於日前前往歐洲，以兩周的時間訪問各裝備的廠商（形成大致與2017年2月
台船訪問歐洲各廠商相同），並與廠廠簽署合作備忘錄(Memorandum of
Understanding，MOU)；MOU一旦簽署，就意味將獲得IDS潛艦採用；等這些裝備廠商取得該國政府輸出許可後，台船就會分別在明年（2019年）與這些廠商簽署正式採購合約。
依照「上報」在2018年11月14日的報導，此時IDS潛艦構型已定案，台船在Gavron
Limited技術顧問公司以及其他外籍顧問的共同協助下，完成了潛艦外觀構型、船體線型、甲板隔艙、機艙、武器布置等主要構型的研究，確認了構想潛艦設計的尺寸、構型與設計基準，對次系統進行研究與選定；另外，對全艦系統整合及工程與技術基準設定，如戰鬥系統之間的結合等，則在初步設計階段。
依照「上報」這則報導，IDS潛艦外型最大的特色，就是捨棄傳統的十字型尾翼，而是採X型尾舵，使得潛艦可以坐底（劍龍級潛艦礙於水櫃開口位置設計等因素而無法坐底）。同時，為了容納更先進的聲納系統，因而加大了艦首。先前外界質疑IDS的構型設計是以海龍級潛艦為對象，海發中心主任邵維揚在立法院接受質詢時表示，劍龍級潛艦是1980年代的產品，而「新艦作戰需求完全不一樣」。此時，這種潛艦構型設計已送往歐洲實驗室進行船模試驗，驗證是否符合初步設計所設定規格需求。等IDS潛艦構型完成「關鍵節點」（即關鍵設計審查）之後，才會進入最後的細部設計。
IDS潛艦構型曝光（2019年）
（上與下）2019年1月春節前夕海軍海發中心製作分贈官兵的紀念品
（鑰匙圈與領帶夾）中，出現一種疑似IDS潛艦的圖案，具有X型尾舵及類似
日本蒼龍級潛艦的非正圓錐形艦首。
依照「上報」在2019年1月26日的報導，在2019年1月下旬春節前夕，海軍海發中心依慣例製作精美紀念品分贈官兵與退役的海軍人士；而今年海發中心製作的紀念品──鑰匙圈與領帶夾的圖案，是某種未知型號的潛艦，具有X型尾舵及類似日本蒼龍級潛艦的非正圓錐形艦首。「上報」猜測這個潛艦圖案就是IDS潛艦，不過海軍不願對外證實。
依照此篇「上報」報導，IDS潛艦艦體部分參考劍龍級潛艦的設計，例如採用類似劍龍級潛艦的淚滴型設計，但艦首與艦尾則採用與劍龍級完全不同的設計，包括非正圓錐形艦首與X型尾舵；不過依照2019年公布的模型，IDS潛艦艦體採用平行船舯（中部是單純的圓管狀造型），而不是劍龍級的淚滴型。「上報」表示，IDS潛艦以類似劍龍級潛艦的淚滴型艦殼為基礎，更改尾舵與艦首構型之後，並選擇了新型動力系統，在潛艦結構與重量分配上，都要重新計算；而戰鬥系統則由於採用與劍龍級潛艦戰系升級案的類似版本，能在原有基礎上進行計算，這部分的構型設計就可以簡化。
「上報」表示，先前台灣海軍提出採用X尾舵翼的構想時，擔任台船顧問的GL公司的英籍潛艦設計工程師，就以X尾舵翼結構與動作複雜、需要引用計算機控制、且機械結構較為複雜會使艦尾較為粗大而降低艦體流線程度，建議還是採用傳統的十字型尾舵翼。但台灣海軍提出的作戰構想就是台灣海峽附近海域作業，此處屬於淺海操作環境，潛艦需要有「坐底」的功能；因此，採用適合座底、靈活度較佳的X尾舵，更適合台海防禦作戰的需求。經過GL公司的英籍潛艦設計工程師針對艦尾變更結構設計以及所需輔助裝備進行計算與評估（包含重量分配等）後，才確定IDS潛艦變更為X尾舵翼設計。而「上報」也宣稱，海軍選定潛艦採用新型美製聲納系統，考量其體積與安裝的位置，經過流體計算以及實體船模流體測試後，修改了設計，確定採用非正圓錐形的艦首設計。
傳統的十字尾舵在橫向或縱向控制時，各只有兩個舵面參與；而X尾舵的四個舵面都會參與橫向與縱向控制，有效舵面積大幅提高。另外，在相同的正面截面積之下，X尾舵（斜向佈局）的長度比十字舵（水平/垂直向）更大；在不超過潛艦輪廓的橫斷面
的條件下，X舵已經可以提供足夠的控制面積，在坐底或靠泊時比較不容易碰撞。傳統十字型尾舵為了獲得足夠的舵翼面積來提高操控性能，尾舵翼展自然就會超過潛艇的高度與寬度，潛艦坐底時下方垂直尾舵就很容易壓壞，能座底的地形大受限制
。以全世界第一艘裝備並測試X尾舵的美國海軍青花魚號(USS
Albacore
AGSS-569)實驗潛艦為例，該艦1960年改裝X型尾舵，試航顯示操縱靈敏度大增，高速轉彎的直徑從原本的300碼（274.32m）大幅減至100碼（91.44m），而當時驅逐艦轉彎直徑則高達1100碼（1005.84m）。
艦體構型（2019年推測）
2019年5月9日台船潛艦修造廠區破土動工典禮上，台船首度展出IDS潛艦模型。
在2019年5月9日台船潛艦修造廠區破土動工典禮中，IDS潛艦的模型首度曝光，採用X型尾舵，水平舵位於帆罩上，艦體兩側有大面積被動陣列聲納，帆罩外型類似英國機敏級（Astuteclass）核能攻擊潛艦。台船總經理周志銘對媒體表示，典禮上公布的潛艦模型的是3.05的決定版，全長約70公尺之內，寬8公尺左右、從龍骨到帆罩頂高度約18公尺，排水量約2500~3000噸位。依照模型，IDS潛艦艦首與艦尾採用水滴流線型設計，艦體中部是平行圓管結構，寬度一致，上方有隆起的非水密上層建築；此種「簡化版水滴型」是1990年代以後潛艦主流的（又稱為「雪笳形」，日本稱「葉捲型」），艦體中部為平行的圓柱型（即平行船舯），而不是劍龍級正規水滴型的漸擴/漸縮線型。使用平行船舯雖然流體特性無法達到「水滴型」的最優化，但由於形狀單純（「水滴型」每一處外型與直徑都不同，相當複雜），可以降低施工複雜度與成本。
根據海軍展出的模型，IDS使用七葉片高曲度，相較於劍龍級舊式的五葉片螺旋槳擁有更大的表面積，在輸出相同功率的情況下轉速得以降低，進而使發生空蝕（會產生大量噪音）的轉速提高，因此航行肅靜性能可望改善。再者，IDS潛艦以X形尾舵取代劍龍級的傳統十字舵，改善了操作靈活度，並使用全新流線外型的帆罩。
依照2019年5月22日軍事專家梅復興的文章，台灣「潛艦國造」原型艦的設計有深度參考劍龍級，尤其是關鍵的內層耐壓殼體結構大致與劍龍級相同；
劍龍級採用單/雙殼複合結構，耐壓殼分為三段，前、後兩段直徑較小，此處為雙殼結構（外部還有一層非耐壓結構）；中段直徑較大，此處為單殼結構。在發展設計的過程中，IDS設計團隊嘗試過各種不同方案，但差異主要在外部（外層非耐壓殼體、上層建築、帆罩等）與裝備佈置，內層耐壓殼體基本設計未曾更動。這是因為劍龍級是台灣手頭上唯一的具體潛艦設計，但是荷蘭當年雖然有像台灣提供用於維護作業的藍圖、技術包等，但這並未包含原始設計的參數。由於欠缺完整設計資料，就無法確認一些假設與計算內容，若想更動耐壓殼尺寸、容積、重量分配等將十分困難，更會面臨很大的風險。更何況劍龍級的母型是荷蘭旗魚級潛艦，後者是荷蘭向美國輸入1960年代「白魚級」（Barbel
class）潛艦設計為基礎來開發；據瞭解，事實上連荷蘭都沒有「白魚級」的完整概念設計資料（美國海軍並未輸出），即便荷蘭有，也不能在沒有美國同意下提供給台灣，過去幾年台灣海軍在全球接觸各潛艦廠商時就已經確認無誤。
在IDS潛艦案初步設計招標時，曾有荷蘭船廠第三代經營者透過中間商向台灣兜售劍龍級潛艦的完整設計圖紙資料，台灣海軍到馬來西亞檢視時證實是劍龍級設計，且比台灣海軍手中的技術資料（用於維修）更完整；但是對方無法提供這些圖紙資料的最終使用者證明，如果台灣擅自購買並使用就會衍生大量國際糾紛（這些圖紙資料的知識產權與使用權都在荷蘭海軍手中），所以最後台灣海軍決定不購買這些圖紙。依照在2017年中旬的信息，國際軍火商向台灣推銷的劍龍級潛艦設計資料與圖紙，包括設計藍圖、結構計算書、材料表、施工詳圖、製造詳圖等為主，這五個項目重要資料就裝滿五個40英尺集裝箱。依照消息，這批資料包括微縮膠卷（投影片）、原文件掃描電子檔等，當時國際軍火商開價10億美元（荷蘭官方明確拒絕提供這些資料給台灣）。
依照梅復興的說法，在沒有把握大幅更動劍龍級原始耐壓殼設計的情況下，台灣IDS潛艦設計團隊只避免任何牽涉到船舶工程計算的重大變更。據了解，IDS首艦的耐壓構型───包含佔據耐壓殼內容積與重量比例最大的電池───仍然遵循劍龍級的設計。然如此，在耐壓殼與電池佈置之外，IDS潛艦還是有做出不少更動與改進；這不只是為了改進性能以及配合新設備（例如新型聲納系統），也是刻意營造與劍龍級原始設計相異之處，避免荷蘭方面找到口實指控台灣侵犯知識產權。台灣推動IDS潛艦時，距離設計建造劍龍級潛艦已經有40年，艦上各種裝備都必須改採用現今市場上的商源替代，這些設備的規格條件（尺寸、重量、耗電、散熱冷卻、隔音防震、維修所需空間等等）
跟劍龍級的原有設備都有出入，內部結構還是需要做小幅的調整。因此，海軍所公佈的IDS原型艦外部尺寸（長度、寬度、排水量等）均與劍龍級相近。
依照模型，IDS的艦首外型與劍龍級有點類似，但似乎不是完全相同，這可能與台灣獲得的聲納系統有關，或者是台灣為了避免侵犯荷蘭知識產權而刻意微幅調整外型。
艦體材質
艦體材料方面，依照台灣軍方公開說明，IDS的艦體改用HSLA-80高強度-低合金（High
Strength Low Alloy，HSLA）（其屈服強度550
MPa，整體性能接近HY-80高張力鋼），強度比劍龍級使用的FE-510鋼材（屈服強度350MPa）高出不少；在雙方耐壓殼結構類似的情況下，IDS的最大潛航深度應可比劍龍級增加約50%。相較於HY-80，HSLA-80由於含碳量極低，焊接時不需要預熱，大幅簡化加工程序，降低了施工成本。依照2022年7月4日自由時報報導的敘述，中鋼開發的新型軍用鋼板（即HSLA-80），強度比101大樓或超大型貨櫃輪使用的鋼板高出20%，耐低溫衝擊的溫度達到攝氏-84度，遠優於一般陸上結構用鋼（要求攝氏-5度）或海上結構用鋼（要求攝氏-40度），能滿足「國艦國造」的各型水面軍艦以及潛艦的需求。中鋼將此種高張力低和金鋼板命名為HSLA-80 CRHS56。
HSLA系列高強度-低合金鋼板在1980年代初期由美國研發完成，使用超純淨煉鋼技術，含碳量極低，並加入微量的銅來提高強度。美國海軍在1980年代首先在提康德羅加級飛彈巡洋艦
垂直發射器搭載型（CG-52起）開始引進HSLA-80鋼材，後來逐漸推廣到水面艦上，取代一些原本為了減低重量而使用HY-80高張力鋼製造的部位。早期HSLA-80厚板的低溫韌性不穩定，所以沒有應用在潛艦上；後續研究進一步改進加工製造與材料工藝、引進新銲材等手段，提高HSLA的應用範圍。
依照一篇美國海軍學院（Naval Academy）在1997年發布的文章：美國海軍與陸戰隊2000-2035年科技-成為21世紀武力第六卷關於平台（Technology for the United States Navy and Marine Corps, 2000-2035: Becoming a 21st-Century Force; Volume 6: Platforms）
之中，檢視潛艦平台科技-2035年潛艦平台展望（Overview of Submarine Platform Technology）一節提到，高強度-低合金（High-strength, Low-alloy Steel，HSLA）鋼材也是未來潛艦平台趨勢；該文提到，如果相關加工程序通過驗證，將HSLA鋼材導入潛艦，就能省略當前潛艦加工（使用HY鋼材）所需、耗時費工的預熱程序。而台灣IDS潛艦是已知第一個使用HSLA-80建造耐壓殼主體的案例。
依照2023年9月4日「菱傳媒」報導，內部人士指出，IDS原型艦耐壓殼體使用的中鋼HSLA-80 CRHS56高強度-低合金（High
Strength Low Alloy，HSLA）鋼板，屈服強度與耐壓能力都高於劍龍級使用的FE-510高張力鋼板。依照電腦數據資料顯示，劍龍級潛艦下潛深度約300公尺，而IDS原型艦由於材料進步，潛航深度理論上比劍龍級增加150到200公尺；不過，由於IDS是首艘自製潛艦，基於安全考量，訂出的深潛最大承受壓力指標，相當於水深只比劍龍級增加50至80公尺，亦即380公尺左右；然而，內部人士宣稱，這已優於目前中國柴電潛艦的下潛深度，「以這種下潛深度，絕對可以成為我海軍潛艦的優勢，讓中共解放軍有所忌憚」。
艦體構型（2023年資料）
台船關於潛艦設計聲明稿（2023/7/4）
在2023年7月4日，台船針對前一天（7月3日）中國時報報導稱台船「仿製現役潛艦、涉及他國智慧財產權之疑慮」，提出聲明稿澄清，表示此為不實報導。
台船公司表示，作為「潛艦國造」主合約商，為了符合海軍未來作戰需求，潛艦採用全新設計，包含低噪音設計的線形與螺槳、擁有更佳操縱與運動性能的X型舵翼，且潛艦阻力、噪音、運動性能皆已經過國外專業水槽的驗證與確認。台船公司強調，國造潛艦完全由國人設計，經技協審認，絕無抄襲或仿製。台船公司採用國內、外當前先進裝備及相關物料，匯聚國內中科院暨各先進產學研單位之能量，歷經相當多年的投入、試驗、構型研改與設計優化，並由台船建立設計與建造能量。具體事實如下：
1.現役劍龍級潛艦已超過35年，艦上各裝備商源早已消失、無法獲得，所以必須採用全新設計，也絕非任意購置一般船舶裝備可以充數，必須經特規設計、通過深海高壓環境的要求與爆震試驗。
2.因應未來台海作戰環境，國造潛艦有提升作戰性能需求，包含(1)增加潛深，各項材料與耐壓裝備、結構強度均符合現代化作戰要求。(2)採低阻力、低噪音的流線設計，提高匿蹤性能。(3)採用高操縱與運動性能的X舵設計。(4)配備美軍現役MK-48重型魚雷。
3.各主要系統設計均採用現代自動化的電控與整合電腦監控系統。
4.此案全新設計的成果，已由國外技協進行水下安全認證程序，通過國外技協與海軍國外技協顧問，確認所有設計皆符合規範。原型艦開工前，先完成試製船段，在海中模擬實際魚雷爆炸的震波驗證，確認結構強度與施工建造技術，並經技協認證符合規範。
5.民國112年（2023年）4月27日立法院外交及國防委員會蔡適應、王定宇、趙天麟、劉世芳、江啟臣、廖婉汝、馬文君等委員赴「海昌計畫」實施專案視導，對於設計階段船模試驗，包含水槽水下阻力、噪音與運動試驗及水庫執行自航試驗的實際驗證，委員均相當認同設計成果，後續完成建造後，配合執行出海測試，實船驗證操縱性能。
IDS潛艦設計工作中的數位圖樣。畫面中有潛艇X型舵、耐壓殼等圖形。畫面公布於2023年
9月28日首艘IDS潛艦命名下水儀式當天。
依照2023年5月17日郭璽在youtube頻道透露，台灣IDS潛艦設計圖，絕對不可能原樣照抄他人現成設計；不僅僅是缺乏原廠授權問題，台灣能買到的潛艦內部設備（包含主機、輔機、發電機、維生輔助設備、作戰相關等等）都跟這些他國潛艦設計不同，所需的工程配套（如管路設計）自然也不一樣，即便能拿到別人完整設計圖也用不了。依照2023年9月25日「鏡週刊」對黃曙光的專訪，「有人建議跟國外買藍圖，但其實一點用都沒有，也不可能抄襲，因為買藍圖就要用對方的裝備，人家也不會賣給你」。
依照2023年9月4日「菱傳媒」報導，IDS潛艦的六個耐壓殼段之中，只有第四號分段是單殼結構，耐壓殼 （pressure hull，俗稱「硬殼」）之外再無外殼；而其餘第1、2、3、5、6分段都是雙殼構造，即耐壓殼外包覆一層非耐壓的輕殼（light hull，俗稱「軟殼」）；這樣的「三段式」耐壓殼設計類似劍龍級潛艦（先前有消息推測IDS潛艦內部耐壓殼設計參照劍龍級，以節省時間並降低風險），此外日本從親潮級的潛艦也都用此種複合的單/雙殼構造。雙殼的外殼能為耐壓殼提供進一步的外層保護，包括對抗深水壓、扭曲、水下爆震、衝擊、疲勞破壞的能力；此外，萬一發生輕微碰撞或擦撞海床時，非水密的外殼也能為耐壓殼起到保護作用，只要耐壓殼水密性沒有被破壞，單純外殼的損傷不會立刻造成嚴重影響，而且修復外殼也比處理耐壓殼損傷更容易。依照設計圖，IDS潛艦的耐壓殼焊接完成後，會依標準作業流程在耐壓殼體外焊接一個個「肋環」，然後將外層非耐壓船殼（軟殼）焊接在肋環上，外殼與耐壓殼之間的空間在水下是自由流水空間。
建造中的IDS潛艦首艦，此時所有耐壓殼以及艦首都已經安裝好，但是艦首下方聲納罩
以及裡面的聲納還沒安裝。畫面公布於2023年9月28日首艘IDS潛艦命名下水儀式當天。
IDS潛艦首艦海鯤號（SS-711）艦尾分段合攏時的照片。此時後部X型尾舵還沒裝。
注意後部還有一對水平安定面用來穩定性。畫面公布於2023年9月28日首艘IDS潛艦
命名下水儀式當天。
IDS潛艦剖面圖紙，可以觀察到耐壓殼設計為三段式，中間一段向外隆起，該處為
單殼構造；耐壓殼前、後端向內收縮，此處為雙殼構造。畫面公布於2023年
9月28日首艘IDS潛艦命名下水儀式當天。
依照2023年9月28日IDS潛艦首艦海鯤號（SS-711）命名下水典禮首度曝光的照片，其艦型中間是平行的圓管，與2019年公開的模型類似。舵面方面，海鯤號前水平舵設置於帆罩上，艦尾除了設置全動式X型尾舵之外，艦尾兩側還有一對水平安定面來增加潛艇的水平穩定性。
IDS潛艦各項裝備選定
依照2019年1月26日「上報」新聞表示，這次美方對劍龍級潛艦戰鬥系統性能升級以及IDS潛艦所需要的新式裝備，給得相當大方；雖然美方提供的並非美軍現役裝備型號，但性能都與美軍現役使用的裝備同級。例如，美國雷松提供的數位化艦首球形被動陣列聲納，是與美國海軍聲納系統的同級縮小版本；相較於劍龍級潛艦使用的舊式環形中頻被動聲納，雷松提供的陣列聲納的精確度、作用距離與涵蓋面都大幅增加。此，L3也向台灣提供水中極低頻電磁波通信系統，潛艦在水下一定深度潛航時，將天線電纜從艦體中放出，使潛艦無須上浮，就能與岸上指揮單位發送簡要信息。
2019年3月28日立法院國防委員會的潛艦國造執行進度機密會議後，民進黨立委王定宇表示，國造潛艦將採「X尾舵」的3.0B版構型。
依照2020年3月6日「上報」報導，關於IDS潛艦各項主要次系統（聲納、水中通信等）的競標，台灣海軍、中科院與戰系主承包商美國洛馬公司三方針對所需系統裝備，進行多次評估討論後，在2020年2月間確定，分別由洛馬集團、雷松、L3哈里斯（L3Harris）等公司提供先進聲納、水中通訊系統等裝備；其中，由L3Harris負責戰系內各系統、信號傳輸的整合工程；這是因為L3Harris公司的系統整合能力受到國際公認，且與台灣海軍已有多次合作經驗，備受海軍肯定。此外，洛馬集團負責潛艦作戰系統整合，雷松提供整合數位聲納系統。這些關鍵性系統裝備與技術服務，都是在美國廠商與中科院簽約後，由美商向美國政府申請輸出許口（商售管道），再依合約執行。
依照日後媒體報導，美國雷松為台灣潛艦提供的數位聲納系統中，包括艦首「環形聲納系統」，內含「主/被動陣列聲納」（因此可能是類似於美國維吉尼亞Block
3以後使用的艦首適型聲納陣列），蒐集到的聲紋透過全數位化的潛艦戰術指揮處理系統處理。IDS潛艦上裝備的水聲設備總共有30種左右。雷松為IDS潛艦提供的聲納系統以該公司可擴充/裁減聲納系統（Modular
Scalable Sonar System，MS3）的架構為基礎，濕端的水聲換能器陣列由 Teledyne製造。
另外，也有消息稱美國曾批准潛艦用拖曳式陣列聲納的出口許可，據信為TB-23型陣列；但台灣方面因擔心引進拖曳陣列聲納會使潛艦設計需要大幅修改（聲納陣列需要空間儲存，而且部署陣列後會影響潛艦操縱特性），風險太大，影響建造期程，所以沒有採用。事實上，IDS潛艦採用的美製聲納系統包括大型側面陣列聲納（位於艦體兩側下半部），連同艦首的被動陣列聲納，大部分艦體長度形成一個聲納接收孔徑，這樣的效果幾乎媲美輕型戰術拖曳聲納，足以完成被動定向、測距甚至射控解算（而不需要使用主動聲納而暴露自身位置）；尤其是相較於柔性的拖曳陣，設置在艦體上的聲納陣列不會因船艦機動而產生形變，也不會像拖曳陣需要時間收放部署並且限制潛艦機動，對於潛艦戰術操作更為有利。除了大型被動陣列之外，依照日後照片，海鯤艦上部兩側各裝有一組三元被動測距聲納陣列，每側各有三個鼓起的聲納單元，依照測量同一聲源信號到三個陣面的時間差等參數，估算出目標的距離。
（上與下）IDS首艦海鯤艦（S-711）被推出台船廠房移到中信八號乾塢上。
照片中可以注意到艦體兩側的大面積適形被動陣列聲納，陣面由方塊狀的換能器
單元構成。
IDS首艦海鯤艦（S-711）的艦首。注意側舷被動陣列聲納一直延伸到艦首附近。
IDS首艦海鯤艦（S-711）艦首上方的聲納配置，包括中央一根換能器，以及上部側面
突出的被動測距聲納基陣（每側各有三個）
依照「上報」在2020年5月5日的報導，IDS潛艦的柴油主機方面，首選是歐陸國家（如德國、法國）廠商產品，但由於無法取得本國出口許可，遂轉而洽談由英國設計、在美國生產的低磁性柴油主機，作為IDS潛艦的動力來源。
2020年5月5日「上報」報導，在潛艦作戰系統的相關設備（與洛馬、雷松、L3Harris等美國廠商）簽署合約後，IDS潛艦原型艦所需的109項主、次系統設備的合約已經完全定案，代表所有系統與設備都已到位，等待首艦開工建造。
依照「上報」2020年11月19日的報導，台灣IDS潛艦各項裝備陸續選定後，中國方面的干預動作陸續出現；例如，潛望鏡系統原本是向歐洲廠商採購，但受到中國強力干涉而告吹，只能向美方採購。「上報」稱，在IDS潛艦原型艦選裝備過程中，曾發生幾次被迫更換廠商的情況，細部設計施工藍圖也要隨之更動，所以IDS設計案才無法照原先期望地提前完成。此外，IDS原型艦的主裝備涉及多項機敏新型系統，包括從美國引進、與核能潛艦同級設備的水中通訊設備，以及雷松新型全數位式聲納系統等，因此美方在審查新設備與系統整合的進度都比原訂計畫慢一些。
在2020年11月24日，「風傳媒」一篇報導指出，曾有美方大廠主管來台時表示，台灣潛艦案所有管制裝備都要花大錢進口，如何能冠以「國造」之名？他並低調地暗示，IDS潛艦使用裝備與技術來源如為「多國兵團」，且「軍規與商規混用」，製造與整合風險之高，恐怕前所未見。「風傳媒」引用內部人士稱，先前傳出有美方廠商同意提供某項「紅區」設備，但實際上是與軍規性能差距甚大的商規產品，即便對方開出天價、台灣還是得「吞下去」，且須另外再為該裝備增加防爆箱，以滿足作戰時抗爆抗震的需求。
依照「上報」在2020年12月31日的報導，IDS潛艦原型艦在潛艦建造工程上，以引進韓國方面技術為主；而潛艦所需的各項關鍵性敏感裝備來自歐美國家，「紅區裝備」與戰鬥系統整合以美方系統為主。
依照2021年3月11日「上報」報導，先前台灣海軍確定無法從歐洲獲得潛艦光電潛望鏡之後，當時還正在與美國雷松、L3Harris公司協商購買潛艦裝備（聲納、通訊、電戰系統等），於是就改向L3Harris尋求光電潛望鏡，目標是該集團為美國海軍核能攻擊潛艦提供的裝備（即用於維吉尼亞級核能攻擊潛艦的AN/BVS-1）。由於台灣柴電潛艦能裝用的光電潛望鏡尺寸與核能潛艦不同，再加上台灣在後期才從美國取得光電潛望鏡輸出許可，因此潛艦合約設計、細部設計等工作都要等確認能引進之後，再依L3Harris提公的產品規格，調整更動潛艦相關設計與相關裝備。此外，台灣為IDS潛艦向雷松引進的數位聲納系統源於美國現役核能攻擊潛艦使用的同類系統，一開始雷松報價每套2億多美元，超出台灣海軍原先規劃的預算；最後台灣與雷松協商敲定後，最後敲定的售價是每套1億多美元，許多功能也經過刪減。光電潛望鏡升起後，感測器（包含攝影機可見光以及紅外線波段）進行全週界掃描，取得周遭海域或沿岸地形的360度全週界影像，並在後端處理系統進行分析識別，偵測效能遠高於人工操作的傳統潛望鏡。總計IDS潛艦上，L3Harris提供的項目包括含光電潛望鏡在內的所有伸縮桅杆系統（含通信、電子截收、水面導航雷達等），以及艦上的整合通信系統（Integrated
Communication System）、整合平台管理系統（Integrated Platform Management
System，IPMS）以及許多機電裝備。
依照2021年3月11日「上報」報導，早先台灣海軍選定艦上作戰相關裝備時，由台灣海軍以及中科院主導選擇，然後才告知真正負責執行系統整合的美國洛克西德.馬丁公司，這些都增加了整合工作的風險與難度，並造成計畫執行期間不少爭議；如果洛馬集團能在更早就參與挑選次系統的工作，依照過去的執行經驗提出建議，就可以讓系統整合工作更順利。
在2022年2月20日，立委馬文君表示，根據她的消息，「潛艦國造」發動機已經採購歐洲某國「S廠」所生產的卡車柴油引擎，不過隨後海軍司令部鄭重否認。到2022年中旬以後，IDS潛艦原型艦分段陸續完工並進入合攏，顯示柴油機等主要設備都已經到貨。
依照2024年9月7日「上報」報導，IDS潛艦原型艦推動期間，由於當時歐洲國家畏懼中國政治壓力，對台灣潛艦的設備與系統輸出多有限制，原型艦只能退而求其次，「先求有再求好」。例如，當時能取得的柴油機選擇非常有限，所以原型艦海鯤號要裝備六部柴油機，才滿足功率需求。2022年俄烏戰爭爆發後因為中國支持俄羅斯的立場，歐洲各國對台灣的軍備出口態度大轉向；加上COVID19疫情以及俄烏戰爭衝擊供應鏈導致全球晶片短缺，歐洲國家紛紛來台尋求台積電的合作；基於互惠的原則，這些歐洲各國對台武器設備的限制立即放寬，同意以採用三國接單，本國生產出貨模式，提供台灣所需的潛艦裝備。因此，IDS後續艦會更換歐洲提供的柴油主機（只需裝備三部，兩部運作、一部當作備用）以及光電潛望鏡。
中科院魚雷誘標系統
在2023年6月12日，「上報」報導，中科院「神龍小組」與飛彈所等單位共同研發了潛艦用的魚雷誘標軟殺系統，已經通過最後驗證；6月初潛艦總召集人黃曙光等相關人員前往北部某大學船模實驗室水槽，再次觀看魚雷誘標的驗證過程，並對中科院神龍小組予以肯定與鼓勵。此套國產潛艦魚雷誘標軟殺系統會安裝在IDS原型艦帆罩前方上層結構兩側，兩側各有兩個發射箱，每個發射箱各6枚，因此IDS原型艦兩側共有24枚音響魚雷誘標。
依照「上報」的資料，原本台灣打算以技轉方式，從土耳其ASELSAN公司引進ZARGANA魚雷誘標軟殺系統（透過ASELSAN公司在台灣至鴻科技），後因政治因素受阻，包括美國在2020年12月15日將土耳其列為「美國敵對國家制裁法」（CAATSA）制裁對象，以及中國可能在背後阻撓等因素，使土耳其後來遲遲拒絕發下出口許可，最終雙方取消合作。
「上報」稱，中科院負責潛艦領域的「神龍小組」分析研究了土耳其ZARGANA魚雷誘餌系統的資料，突破其中關鍵技術；經核准後，「神龍小組」與中科院飛彈所共同研發魚雷誘標系統。在研發過程中，由於中科院沒有可驗證的大型水槽，因此選擇與台灣北部某大學合作，魚雷誘標原型都該大學水槽內進行各項驗測，台灣海軍與英國技術顧問等相關單位都參與測試。相較於水面船艦的魚雷防禦系統（SSTD），潛艦用魚雷誘標最主要的區別，是需要將發射到離潛艦本身較遠的地方，部署在與潛艦深度一致的水域並懸浮。魚雷誘標部署到達定位後開始發出低高頻聲波（一般人耳朵聽不到），並發出模擬潛艦運轉的聲學信號（或者仿水面艦），吸引敵方來襲魚雷注意並鎖定，誤判目標而攻擊誘標。此魚雷誘標系統可依照不同威脅採用單發、雙發、連發等不同模式，能對抗敵方魚雷聲納尋標器（含被動、主動以及聲導組合模式等）。
（上與下）IDS首艦海鯤艦（S-711）被推出台船廠房移到中信八號乾塢上，
圖中的兩組六聯裝小孔就是艦體中段上部的魚雷誘標發射器開口。
關於潛艦絕氣推進系統（AIP）
依照2019年1月26日「上報」的報導，台灣海軍海發中心與台船前往拜訪歐美廠商時，已經接洽產製絕氣推進系統（Air
Independent Propulsion，AIP）設備的廠商，IDS從第二艘起就會裝備AIP。「上報」推測，由於美國是燃料電池技術的領導者（西班牙S80A潛艦就打算採用美國供應的燃料電池AIP系統），加上美國會在IDS潛艦案中扮演建造專案管理的角色，因此推測未來IDS潛艦可能會採用美製燃料電池式的AIP系統。
在2019年3月19日，蘋果日報引述國防部官員的說法，表示「潛艦國造」首艘原型潛艦不會配備AIP（絕氣推進系統），因為如配備AIP系統則預算要再增加800億新台幣；考量預算及實際需求，並基於「先求有，再求好」，「潛艦國造」後續艦上才會再增加AIP、水下垂直發射系統等新設備。這名國防部資深官員也透露，關於潛艦垂直發射器，目前中科院正在進行研究，並已在國際現貨市場上購買類似系統（應指美國的MK-41艦載垂直發射器）並進行研發，未來能針對潛艦用垂直發射系統進行相關研究，提升台灣未來新潛艦的戰力。
除了AIP之外，鋰離子電池也可能是第二艘IDS考慮的新系統。
依照中國時報2019年3月25日的報導，對於「潛艦國造」是否要裝AIP，同是海軍潛艦部隊出身的海軍司令黃曙光與參謀總長李喜明有不同看法，爭論多時，最後
黃曙光的意見獲得支持，決定首艘原型艦先不裝AIP，先求有再求好。此外，依照中國時報2022年7月23日的報導，IDS潛艦原型艦並沒有在外部敷設消聲瓦（先前劍龍級也沒有消聲瓦），因為消聲瓦會增加重量（雖然潛艦設計有把這些重量考慮進去）。不過依照2024年1月29日郭璽的節目中提到，原本IDS首艦因為預算等緣故而不打算裝外部消聲瓦，但此時海軍與台船正在考慮在首艦上直接加裝消聲瓦，進一步提高匿蹤生存性能。
依照2020年下旬以後的新聞，台灣海軍傾向在IDS後續艦上使用高能量密度的鋰離子電池系統，不需要安裝AIP。任何形式的AIP（含燃料電池、史特靈發動機、封閉循環渦輪等）都有許多專屬設備、與艦上主柴電推進系統無法共通，且需要另外儲存氧化劑（液態氧）以及專門的燃料（例如史特靈發動機的煤油，或燃料電池需要固體儲氫容器，或者以高純度柴油來儲存氫）。因此，AIP不僅昂貴，而且佔據艦內可觀的空間，顯著提高了成本機械複雜度，在艦上儲存液態氧也帶來更大的潛在風險。運作時，AIP產生的功率都有限，只能專門用於抵達伏擊作業區之後的低速水下巡航，維持5、6節產生舵效應的起碼速率；而其他時候如從基地到作業區之間的往返渡航，以及迴避敵方追擊等，都還是免除不了傳統的柴電推進系統（包含主蓄電池、柴油發電機組以及主推進電機）；一旦AIP的液態氧或專用燃料耗盡，潛艦就還是只能回到使用傳統的柴電推進，而艦上已經有相當空間被AIP佔據，主推進系統的燃料艙容積、電池容量等難免被排擠。再者，除了德國燃料電池AIP使用固體儲氫容器之外，其他任何封閉循環式燃燒主機（如史特靈主機、渦輪機或封閉循環柴油機等），或者從柴油重整方式用化學反應取出氫氣的燃料電池，都需要在水下排放高溫廢氣，不僅提高了潛艦噪音，而且都需要抵抗海下巨大的背壓排氣，增加了機械複雜度；而萬一潛航時關於水下排氣的設備發生故障，也是可能成為大量進水的隱患。相形之下，高容量密度的鋰電池同樣也能延長柴電潛艦在水下持續航行的自持力，可以選擇低功率長時間輸出（類似AIP）或者高功率在短時間賦予潛艦較大航速，使用彈性廣泛；如此，艦上不需要騰出空間安裝一套與主柴電推進完全獨立的AIP專屬設備，這些容積與重量可用來擴大鋰電池容量或者艦上柴油攜帶量。
依照2021年6月22日上報報導，IDS後續艦將採用國內自製的軍規鋰電池；海軍提出七項方案，由聯合船舶設計發展中心選出方案後，經過國防科技產業發展審議會，再報給行政院科技會報確定，由台船與國內民間公司組研發團隊進行。「上報」稱，IDS原型艦選擇蓄電池時，基於安全可靠以及建造期程，採用傳統的鉛酸電池；而後續艦當初曾考慮使用絕氣推進系統（AIP），但由於台灣本土有高效能電池相關技術，分析比較然發氫燃料電池AIP的方案後，決定選擇高效能鋰電池作為發展方向，而不是AIP。此外，先前在IDS設計標案中有國產鉛酸電池試製案，經公開招標後由台中某公司得標試製，但海軍決定後續艦改用鋰電池後，試製案就無疾而終。
潛艦用電池
在2019年10月05日，「壹週刊」透露，由台灣廠商自行研發的電瓶，經過兩個月的審查，已獲得國際知名船級公司認證，將來可用在台灣自行研發的潛艦上，「對海軍及台船參與本案的成員來說這是一大突破」。「壹週刊」稱，此一國內自行研發的
，比起過去用於傳統潛艦上的電池優異許多，不僅重量輕，重量只有傳統（鉛酸）電池的五分之一，儲能是傳統電池的五倍，提供的續航力至少是鉛酸電池的三倍，壽期也增長很多。由於新型國產電池續航力增加，未來潛艦甚至可以不用再加裝絕氣推進系統（AIP）。依照海軍計畫，IDS第一艘原型艦不會安裝AIP，原因包括技術以及預算等，並考慮在第二艘IDS潛艦上使用。如果此種新型電池確實可以讓潛艦續航力增加數倍，就不必裝備AIP。
消息人士表示，新型國產電池獲得國際認證，解決了潛艦國造碰到的許多問題，尤其是重量及空間的設計；過去傳統的鉛酸潛艦電池，不僅笨重且壽命又短，定期保養也有不小風險；改用新型電池後，不僅大大提高性能，也解決許多問題（就連傳統的潛艦用鉛酸蓄電池，也屬於輸出管制品），雖然其價格比傳統鉛酸電池高，但考量到使用效率及能夠免除AIP的預算，確實比較划算。
依照「上報」在2020年5月5日的報導，關於IDS使用的電池方面，台灣海軍曾一度規劃原型艦直接使用最先進的鋰聚合物電池，而不是傳統的鉛酸蓄電池（這也會屬於出口管制品）；然而由於此時鋰電池技術並非百分之百安全，許多技術問題現階段尚未解決，因此原型艦仍使用安全成熟的鉛酸蓄電池。
2020年11月3日，蘋果日報報導，海軍造船發展中心主任邵維揚接受專訪時透露，IDS潛艦原型艦的研發過程中發現，國內廠商所研發的高效能電池輸出動力時的靜音程度優於絕氣推進系統（AIP），因此未來後續潛艦可以不安裝AIP系統。不過，隨後11月24日「風傳媒」一篇報導則稱業界推測，IDS潛艦似乎無法國外廠商獲得潛艦用電池的輸出許可，否則邵維揚不會對外拋出此風向（稱將使用台灣本土自產的電池）。
依照邵維揚的說法，暗示IDS很可能使用台灣本國生產的鋰電池。然而，能生產鋰電池是一回事，能產製安全可靠、能用於潛艦的鋰電池系統（包含上百個鋰電池模組以及控制管理系統），則是另一個完全不同的層次。日本是第一個在柴電潛艦上使用鋰電池的國家，日本防衛省以及相關合作廠商（三菱重工、日本電池等）經過多年研發潛艦用鋰電池系統，最早打算在第四艘蒼龍級（SS-504，2007年編列）開始採用，但最後直到2015年編列的第11艘蒼龍級潛艦（S511）才裝備。日本潛艦鋰電池主承包商湯淺-日本電池科技（GS-YUASA
Technology，GYT）先前已經有為波音787客機設計並供應鋰電池的實績；然而2013年初日本全日空(ANA)與日本空(JAL)的波音787都發生鋰電池過熱起火冒煙的事故，一度導致波音787機對停飛，之後日本不斷強化鋰電池系統的安全與隔離設計和管理系統，才讓鋰電池系統逐漸成熟。
IDS潛艦用馬桶
在2022年4月12日，「菱傳媒」報導，一位參與IDS潛艦計畫的資深管理幹部向菱傳媒透露，潛艦上的衛浴設備是給外包廠商承作，承包商對台船的潛艦用馬桶報價竟然是一個八萬美元，董事長鄭文隆一看就覺得價錢太離譜；再報價的馬桶並沒有出廠證明、型號等資料，台船方面立即自行向國外製造廠商詢價，才發現購買價只需8萬元台幣，因此立刻取消跟該承包商的訂單，改為台船自行採購，避免浪費公帑。這位資深幹部透露，台船在徐強擔任董事長時期，曾研究潛艦用廁所的設計與施工，也掌握擁有相關技術；但這一次潛艦國造工程中，「連廁所都透過包商向國外採購」，價格是自製的數十倍之多。為控制潛艦國造的整體預算，在潛艦國造專案小組的要求下，台船已發包採購的潛艦廁所，最後重新改回自製。該位人士不諱言，潛艦國造如果依據台船過去的浪費習慣，「恐怕要花數倍的金額」。該人士對「菱傳媒」透露，「台船什麼都外包，能賺有限」；從他進入台船所觀察到的是，台船員工工作效率差，這是台船經營的真正問題；他透露，專門負責建造潛艦「海昌工廠」，都是遴選海軍剛退役的資深軍士官為主體，才能保持潛艦興建的進度。由於潛艦在水下一定深度航行，海水壓力使潛艦無法直接使用沖水馬桶；因此，潛艦馬桶系統先將排泄物以真空抽吸的方式留存在衛生櫃中，等到適當時機才加壓排入海中，以免洩露潛艦行蹤。
在2022年5月13日，台船董事長鄭文隆接受「菱傳媒」專訪時指出，潛艦國造有107項主要/次要裝備，他怕採購人員有疏失或者不敢擔負起責任，因此下令所有潛艦國造的主/次裝備的採購案，都要由他來作最後決定；至於其他不屬於這107項裝備的項目，則授權採購人員依規定採購。例如，潛艦用馬桶就不屬於107項主要/次要裝備，採購人員依據規格在全世界尋找商源，結果只找到2家；經向這2家詢價，僅有一家回覆台船報價，也就是八萬美元。採購人員為避免只提報1家，因而要求台灣的大、小代理商進行報價。鄭文隆指出，當時他正在歐洲，聽說台船買一個馬桶十分昂貴，因此他立即喊停，最後經內部討論要「自製」。鄭文隆進一步透露，經過多方研究自製的可行性，發現自製潛艦馬桶並不難，最困難的部分是「靜音」，怕潛艦官兵上廁所發出的噪音被敵方探測；而若達到靜音，關鍵是馬桶下方通糞箱有一個閥門。如果這個閥要跟歐洲某國購買，一個閥就要2.2萬歐元（當時約67萬新台幣），因此台船找台灣廠商自己研製，完成了不銹鋼製的潛艦馬桶，並通過海軍認證，價格只需15萬元台幣；因而也傳出「8萬美金變台幣15萬元」的經過。
關於潛艦逃生與救援
依照2023年9月27日「菱傳媒」報導，IDS潛艦在設計階段，設有多處等待救援的維生艙間，讓倖存人員待救援的時間可增加為5至7日。如果潛艦發生事故的水深在180公尺以內，可由人員單獨逃生；潛艦內部配有單人逃生服，供逃生人員上浮期間正常呼吸，避免溺斃傷亡（此外也需經過專業訓練來減低上浮過程中減壓造成潛水夫症）。而水深超過個人逃生範圍，就得仰賴外部派遣深海救援艇（DSRV）執行救難。
在亞洲地區具有潛艦深海救援能力的國家有日本、新加坡等；而中國也擁有三艘926型潛艇支援艦，裝備英製LR7深海救援潛艇，
進行水下500公尺以上的救援任務。國安官員透露，為避免我潛艦發生深海事故需國外提供援助時，中國以「人道救援「為名搶先施救，直接竊取我潛艦機密資料，台灣國防部早已和美方簽署潛艦救援協議；萬一台灣潛艦出海執行任務發生不測，美國海軍就會前來救援可在48小時內將救援系統運抵台灣協助搶救，保障台灣海軍潛艦人員生命以及國防機密不外洩。早在1988年，台灣海軍就開始與美國海軍簽署「潛艦救援」協議的發價書。知情人士透露，台灣海軍劍龍級潛艦的逃生艙是歐洲規格，美國海軍潛艦救援裝備需要先安裝相關套件才能配合；而IDS潛艦的逃生平台一開始依據美國海軍潛艦救援規範而設計，並經美方專業人員審核。因此，萬一有事、美軍潛艦救援單位前來時能直接對接，可加快深海救援時程。
美國海軍過去使用深海救援艇（DSRV）可裝載於C-5戰略運輸機中，48小時內即可出動並飛抵潛艦出事國家的就近機場，然後將DSRV裝載上救援船。當前美國海軍使用「潛艦救援潛水再加壓系統」（Submarine Rescue Diving and Recompression System, SRDRS) ，結合水下減壓系統、加壓救援模組系統、吊放系統及相關電力單元組成「潛艦救援系統」（Submarine Rescue System,SRS）及水下評估作業系統（Assessment/Underwater Work System, AUWS）；這些裝備皆可經由空中、地面運輸至世界各角落，裝載於軍事或商用船隻上，前往潛艦遇難位置進行搜索救援，最大救援深度可達610公尺。
而此時台灣海軍也在規劃建置一艘專業的「潛艦救難艦」，並納入「國軍五年兵力整建計畫」，預算101億新台幣。
關於IDS原型艦建造成本分佈
2023年6月2日，黃曙光在台灣大學海洋工程學系的「海權及潛艦」演說中提到，黃曙光在演講中整理提到，IDS潛艦原型艦建造預算總額度493.62億新台幣（即「潛艦國造第二階段」；而第一階段「合約設計」預算為29億7000多萬元新台幣），其中國外供應項目佔額度62%（約307.11億新台幣），包括建造潛艦用的原物料以及所需裝備（約230億新台幣，佔46%）、美國軍售提供的魚雷（26.5億元新台幣，佔5%）等，以及船廠（台船）的外籍技術協助（約38億元新台幣）、海軍的外籍顧問團隊等人事費用（約12.6億新台幣）。而國內供應項目佔比約38%（186.51億元新台幣），包括人力款約12.9億新台幣(
（佔3%）、國內物料款（如耐壓鋼材）約18.4億元新台幣（佔4%）、戰系中的自供裝備，以及建造潛艦專用廠房和購置生產機具155億餘新台幣（佔31％）、海軍庫儲設施等。
依照2023年12月16日「上報」報導，外界有聲音批評海鯤號原型艦花費近500億元新台幣實在太貴。然而，海鯤艦的總成本中，包含從無到有建置廠房產能、訓練人員、從頭研發設計整合的費用；例如產能方面，成本數字包括建造五座廠房，以及購買各項進口機具設備（如自動捲板機、自動焊接機、彎管機、精密鑽孔機）以及兩座自動化的零附件倉儲庫房，這些建置產能的成本就高達155億餘新台幣，加上船廠技協需要38億元新台幣，這就需要193億餘元；此外，海鯤艦上的武器設備與技術都必需透過國際合作取得，海軍顧問12.6億元新台幣。反觀日本早已具備完整成熟的潛艦廠房產線與產能，現在建造潛艦時自然不需包含這類成本。
而建造海鯤艦之後，「潛艦國造」後續艦成本中，廠房機具設備最多就只有維修成本，船廠技協的成本也會比先前減少，國內可採購設備增加後、國產化比率提高後也有助於降低成本。不過，先前首艦海鯤艦的預算額度是在COVID19疫情之前核定，之後全球歷經COVID19疫情以及2022年烏俄戰爭爆發帶來的供應鏈緊縮以及通貨膨脹，加上還要進行設計與戰系優化等開發工作，因此後續艦成本的帳面數字（會包括這些年間的通膨）是否能低於首艦海鯤艦，可能有一定難度。
在2023年12月中旬，黃曙光接受訪問時表示，潛艦國造全案全案經費493億餘元新台幣，全案均依據法令與廠商合約執行，七年來經立法院實施專報及實地現勘五次、監察院專案報告三次，審計部財務稽核三次，及會計師財務稽核計29次，從未發現弊端。
國民黨副總統候選人趙少康在11月13日記者會上宣稱「日本最近才完成一艘潛艦...製造只花120億，比我們的還長還大、火力還強，為什麼我們要花530億？AUKUS美英賣給澳洲核動力潛艦，3億美元折合台幣100億...」。然而，趙少康的敘述不僅數字完全錯誤，以台灣的情況跟擁有全球最成熟穩定潛艦產業的日本來比較製造成本，更是毫無公平性可言。
日本每艘潛艦成本絕不是僅150億餘元新台幣或趙少康所謂的「120億新台幣」；日本第一艘大鯨級潛艦在平成29年度（2017）編列，編列預算728億日圓，以同年匯率換算大概是193.74億新台幣（大鯨號是首製艦，會有較多一次性研發成本）；而大鯨級二號艦在平成30年度（2018年）編列，預算稍降至697億日圓，當年匯率換算大約是183.39億新台幣，這兩艘預算編列的時間跟IDS原型艦預算核定時間差不多，物價指標基礎近似。而英美澳AUKUS潛艦的成本數量級更不可能是「每艘3億美元」，2014年4月底美國海軍與船廠簽署的維吉尼亞級核能攻擊潛艦第四批（Block
IV）的多年份採辦合同（MYP），建造10艘潛艦合約總值176.45億美元，平均每艘17.645億美元；這還不包括艦上各主要裝備、作戰武器系統的政府裝修項目(
Government-Furnished Equipment, GFE）的成本，再加上GFE裝備則每艘總成本達到29.5億美元（依照2013財年估算）；等到2030年代後期AUKUS潛艦項目開始在澳洲本土建置產能與建造潛艦時（依照AUKUS計畫，美國會先在2030年代提供至少2艘二手維吉尼亞級Block
4核能潛艦給澳洲，隨後在澳洲本土建造與英國合作發展的SSN-AUKUS潛艦），考慮通貨膨脹、從頭在澳洲建置核能潛艦產能與技術，再加上澳洲本身的客製化研發工作，單位成本只會比美國維吉尼亞級更為昂貴。
美國、日本乃至於多數西方國家編列造艦預算時，都不會將與建置（或擴充）造艦產能
的成本（如翻新船廠設施、招募訓練更多造船工人、資助供應鏈廠商擴大產能等）以及船艦
服役後裝備的彈藥（如飛彈、砲彈、魚雷等）記入造艦項目成本，而是另外的項目。
因此IDS原型艦海鯤號的493億餘項目總成本，必須先扣除關於建設廠房、倉儲與購置機具的155億餘新台幣以及 向美國購買MK-48 Mod6
ADCAP魚雷的26.5億元等項目
。
最重要的是，台灣過去完全沒有設計建造潛艦的經驗，必須自己主導來從頭設計一種新潛艦，系統整合、研發與建造工作都由是台灣自己管理專案（一般的國際間潛艦出口案，都是在國際大廠提供完整潛艦設計與系統方案的情況下，由原廠負責技術轉移、手把手指導買方國家製造），而生產基礎設施、組織供應鏈、訓練技術人員以及建立後勤保障體系等也都要從頭來過；在過程中，還因為台灣面臨的特有政治困境，而無法取得某些柴電潛艦常用的國際主流貨源、被迫選擇其他產品並自行整合驗證，或者是原訂貨源生變不得不臨時更改選項、連帶需要變更設計，進而付出可觀的的間接成本。
反觀日本不僅早已擁有完整潛艦設計製造能力，更擁有全世界最穩定的柴電潛艦供需在支撐；日本海上自衛隊早在1980年代就形成了維持18艘現役潛艦的體制（16艘作戰潛艦加上2艘練習潛艦），到2020年代更實現擴大為24艘現役潛艦（22艘作戰潛艦與2艘練習潛艦），每艘潛艦除役就有一艘新艦服役。因此，日本兩家潛艦建造商（三菱重工神戶廠以及川崎重工神戶廠）能不間斷地持續建造潛艦，連帶提供連續而穩定的採辦批量來養活供應鏈；船廠與供應鏈廠商的技術人員可以長期留在這個產業裡，不會因為訂單斷檔導致人員流失、下一次建造潛艦時又需要花費大量成本重新訓練。由於三菱與川崎的潛艦事業基本上就是專門為日本的需求而存在（目前並無其他出口市場），在這樣單純而穩定的關係之下，日本政府也有比較強的議價能力，使廠商提供較優惠的報價。因此，拿基礎穩固的日本跟正在創立潛艦產業的台灣比較成本，完全沒有公平性可言。
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